В истории Google Chrome можно почистить либо всё записи, либо удалять по одной. А их может быть очень много. Попробуем восполнить этот пробел небольшим Javascript хаком, который будет отмечать все чекбоксы у нужных записей.

Открываем страницу истории в браузере: Настройка -> История или Ctrl + H.
Вписываем в поиск название нужного домена.

Далее открываем консоль в браузере комбинацией Ctrl + Shift + J.
В консоли, вверху, находим <top frame>, жмем на него, и из выпадающего списка выбираем history-frame/.

Вставляем код в консоль Google Chrome и жмем Enter(Chrome попросит подтвердить свои действия).

var rows = $x('//*[@id="results-display"]/ol/li/div/label'),
    remove_button = $x('//*[@id="remove-selected"]')[0];
 
for(row in rows){
    rows[row].childNodes[0].checked = true;
}
 
remove_button.disabled = false;
remove_button.click();

Проводим последнюю итерацию до тех пор, пока не удаляться все записи.